Josefa Ortiz quiso avisar que habían sido descubiertos al capitán Ignacio Allende y al padre Miguel Hidalgo, en San Miguel el primero y en Dolores el segundo.

Es así que desde su habitación, en la parte alta de este edificio, llamó dando taconazos en el suelo al alcalde de cárceles don Ignacio Pérez.

[3]​ En 1821 Agustín de Iturbide, por breves días, despacho en este Palacio una vez vencida la resistencia.

[cita requerida] Nuevamente en 1857 Tomas Mejía atacó el Palacio, lo tomó, pero una carga valiente del general José María Arteaga lo restituyó a las fuerzas republicanas.

Fue restaurada y los presos se trasladaron a un penal construido en San José del Alto por disposición del gobernador de Querétaro Rafael Camacho Guzmán.