Fue construida en estilo plateresco en el año 1537, a instancias de Benito Jiménez de Cisneros, sobrino del cardenal Cisneros.

Las obras, entre 1910-1914, respetaron el modelo original del edificio principal y el corredor volado que une la Casa de Cisneros con la de la Villa sobre la brevísima calle de Madrid; fueron dirigidas por el arquitecto Luis Bellido y González, que contó con la colaboración de los ceramistas Juan Ruiz de Luna y Enrique Guijo en la obra de azulejería.

Ha quedado noticia de que aquí guardó prisión en el umbral del siglo XVII Antonio Pérez, secretario del rey Felipe II.

También destaca el hecho de que en esta casa naciera Álvaro de Figueroa y Torres, conde de Romanones en 1863, y muriese el ministro Ramón María Narváez en 1868.

Por otra parte, los retratos de los alcaldes madrileños anteriores a 1922 se encuentran en la Casa de la Villa.