[2]​ Luego del incendio y como una manera de retomar lo antes posible las actividades universitarias, se decidió arrendar una casa en calle Bandera.

De esta manera, se decidió construir un nuevos edificios para la Universidad y el Instituto en un terreno situado en Alameda, entre las calles Lira y Maestranza -esta última actual Avenida Portugal-, donado por el primer rector de la universidad, Monseñor Joaquín Larraín Gandarillas, espacio más apropiado para construir un nuevo Palacio Universitario.

Pero Cremonesi volvió a Italia y a principios del siglo XX se le encargó un nuevo diseño al arquitecto francés Emile Jecquier, mismo autor del Museo de Bellas Artes y de la Estación Mapocho,[4]​ entre otras obras.

[4]​ La primera piedra de lo que sería el Palacio Universitario se puso en 1910 y su construcción concluyó en 1917.

La nueva sede contaba con capilla, una biblioteca para 60 mil libros y una sala para actos oficiales.

La reconstrucción duró hasta 1937 y gracias a ella se pudo unificar el lenguaje de la fachada.

[14]​ Durante los años 1980 se le encargó al arquitecto Alberto Piwonka, una nueva sede para la Faculta de Ciencias Biológicas, la que fue construida hacia calle Portugal y que mantuvo el estilo clásico de la fachada hacia la Alameda.

Si bien sus construcciones son modernas, se integran al esquema con base en claustros del proyecto original.

Durante su construcción quedó al descubierto una cava del siglo XIX, de la cual sólo había rumores.

[17]​ La cava había pertenecido a Francisco Lira Argomedo, quien legó sus apellidos para las dos calles que emergieron de su propiedad.