Se desconoce la fecha exacta de su construcción, aunque se supone que data del siglo XVI o XVII.
El resto de la casa se utilizó para hospedar a veteranos del ejército mexicano.
[3] En 1987, el gobernador Mariano Piña Olaya convirtió la Casa Aguayo en las oficinas administrativas del gobierno estatal.
Durante la gestión de Melquiades Morales, la casa fue remodelada y restaurada con apoyo de la Fundación Mary Street Jenkins para convertirse en sede del Gobierno del Estado.
A pesar de las modificaciones hechas en el siglo XVIII, la fachada conserva elementos del siglo XVII, tales como arcos sumamente rebajados, enmarcados con cornisas que terminan en lacerías; también muestra obras hidráulicas como la pila y los conductos de agua, tanto descubiertos como subterráneos.