Durante algún tiempo, la comunidad vivió sumida en la pobreza, pero en la segunda mitad del siglo XVII la fundación comenzó a recuperarse.

Fue en estos años cuando los cartujos monegrinos pudieron hacer una vida monacal digna, sin apartarse de la extrema austeridad característica de esta orden contemplativa, que prescribe aislamiento y oración individuales.

Los nuevos recursos económicos permitieron emprender la construcción de un nuevo conjunto monástico en un emplazamiento de mejores condiciones topográficas, situado en un llano cercano al antiguo establecimiento.

Las últimas obras realizadas fueron las del edificio de obediencias, lugar donde residían y trabajaban los hermanos (cartujos dedicados a las labores agrícolas y los diferentes oficios necesarios para el sustento de la comunidad que no han recibido el orden sacerdotal), que fue concluido en 1797.

No obstante, el conjunto, tal y como estaba planeado, nunca llegó a edificarse completamente, por falta de recursos económicos.

Ida a manos privadas, en las décadas siguientes la Cartuja recibió los más variados usos no religiosos, siendo sucesivamente utilizada como balneario, acuartelamiento militar durante la Guerra Civil (1936-1939) y finca ganadera.

La fábrica, erigida mayormente en ladrillo, sigue fielmente el modelo tipológico establecido por la Orden Cartuja a partir del siglo XVI, lográndose un plano simétrico, racional, con una clara diferenciación de todas sus partes, perfectamente comunicadas entre sí.

La iglesia es el eje arquitectónico en torno al cual se articulan el resto de dependencias.

La torre se alza en la parte posterior del lado de la Epístola (sur), en el ángulo que forman el último tramo de la nave y el brazo meridional del transepto.

Fray Manuel Bayeu concibió un vasto programa iconográfico para su monasterio, que plasmó en más 250 composiciones de pintura al fresco, aplicada en brillantes colores, que cubren virtualmente todos los paramentos, bóvedas y cúpulas de la iglesia, las capillas, el claustro menor, la sacristía y la sala capitular.

Actualmente están abiertas al público las partes consolidadas, que son también las más interesantes artísticamente.