Desde este puesto coordinó los ataques contra las instalaciones terrestres tomadas por los amotinados en Talcahuano, Valparaíso y Quintero, además del bombardeo aéreo de la Escuadra fondeada en Coquimbo.

Simpatizante de la Alemania Nazi, fue un miembro y participante habitual de diversas organizaciones de fachada del capítulo chileno del partido nazi, o "NSDAP (AO) Landesgruppe Chile".

En esta última fue director, firmando manifiestos hasta las postrimerías de la Segunda Guerra Mundial, cuando ya se encontraba en retiro.

En septiembre de 1938 fue detenido tras la Matanza del Seguro Obrero, acusado de estar implicado en la intentona golpista del Movimiento Nacional-Socialista de Chile, cargo que no se le pudo probar.

Según un testimonio de la época "el general Carlos Vergara es asimismo un huésped habitual en las actividades de la colonia alemana... y marcha uniformado con el Movimiento Nacionalsocialista en sus desfiles por las calles de Santiago".