[5] En la actualidad participa en muchas otras empresas, ya sea como presidente en Gándara Censa,[6][7] Inverhismex y Construcciones Exisa; como consejero bancario de Banamex, Inverlat y Banca Serfin, o como inversor en empresas de alimentos tan conocidas como Burger King o Benedetti's Pizzas.
Se iniciaba así un gran aluvión de críticas hacia Carlos Mouriño en particular.
El verano de 2007 trajo muchos cambios tanto en la plantilla como en la dirección del equipo celeste.
Más tarde se achacó la no renovación de Gustavo a la crisis económica que atravesaba el club, y las altas pretensiones salariales del jugador, que se negó a mantener el salario del año anterior al descenso.
Se inicia así una recuperación económica en un club muy maltrecho, y la reconciliación de Carlos Mouriño con la afición.
Carlos Mouriño tomó ciertas medidas impopulares que le hicieron perder confianza entre la afición, como la venta del canterano Joselu al Real Madrid por solo un millón y medio de euros, ya que se le veía como un jugador con una gran proyección y por el que se podría haber sacado más dinero en un futuro.
[12] Finalmente, tras dos temporadas en el filial blanco, el jugador sería traspasado al Hoffenheim alemán por 6 millones de Euros.
Esta situación tras perder en Getafe por 3 a 1 llevaría al despido de Paco Herrera y la contratación del toledano Abel Resino.
Finalmente se alcanzó la salvación en la última jornada del campeonato, pese a estar en última posición en la penúltima jornada ganando al Real Valladolid y posteriormente en la última jornada ganando también contra el Espanyol con un gol de Natxo Insa, al ser favorables los resultados de sus rivales, Deportivo de la Coruña, RCD Mallorca y Real Zaragoza que acabaron descendiendo.
Llegaron jugadores nuevos al equipo como el brasileño Charles Dias, Nolito, Rafa Alcántara, conocido como Rafinha, hijo de Mazinho (exjugador del Celta), Andreu Fontàs, Jon Aurtenetxe, o el regreso de David Rodríguez, Yoel o Jota Peleteiro (aunque este último marcharía cedido al SD Eibar).