[11]​ Mouriño ocupó por primera vez un cargo de elección popular en 1997 al ser elegido diputado del Congreso de Campeche representando al V Distrito Electoral local.

En ese año presentó su candidatura a la presidencia municipal de Campeche, pero fue derrotado en las Elecciones estatales por el candidato priista Fernando Ortega Bernés.

Después de la elección presidencial y una vez que Calderón fue declarado presidente electo, Mouriño fue designado coordinador general del equipo de transición.

[18]​ El 29 de febrero, Juan Camilo Mouriño rechazó tales acusaciones, asegurando que pondrá a disposición de las autoridades toda la información que le sea requerida, aduciendo que dichos contratos fueron celebrados en plena legalidad,[19]​ calificando además como inmorales y dolosas las acusaciones realizadas por López Obrador y señalando que no debatirá con sus detractores.

[20]​ El funcionario tardó dos semanas en reaccionar y, reconocer, el 6 de marzo que sí firmó los contratos.

[37]​ El coordinador del comité de investigación sobre el accidente informó, un año después, que una serie de errores cometidos por el controlador de vuelos y los pilotos del avión pudieron ser las causas del desplome, aunque las dudas sobre un supuesto asesinato, cuyo objetivo habría sido eliminar al zar antidrogas de México José Luis Santiago Vasconcelos, no han sido despejadas.