En 1994 funda el movimiento Defensa Ciudadana y postula a la Alcaldía de Bogotá contando con el respaldo conservador; termina ubicado en el tercer lugar, detrás del profesor Antanas Mockus y de Enrique Peñalosa.

Para estas elecciones Moreno de Caro resultó ser el gran favorito (prometiendo incluso el polémico Metro de Bogotá), pero los demás sectores políticos decidieron respaldar a Enrique Peñalosa, quien se lanzó como independiente, con el propósito de evitar el triunfo del dirigente populista y lo lograron.

En 1998 llegó al Senado de Colombia con una de las más altas votaciones del país, y se destacó por su excentricidad, como en la ocasión en la que llevó veneno para ratas al recinto del Congreso, para acabar con las "ratas políticas" que según él invadían el Capitolio.

Durante este cuatrienio se convierte en uno de los más fervientes y fanáticos seguidores del Presidente Álvaro Uribe Vélez y en 2003 consiguió ubicar a su hermano Isaac Moreno de Caro como concejal de Bogotá; manteniendo su característica excentricidad, Moreno de Caro es recordado en esta legislatura por haber llevado alacranes vivos al recinto del Senado para compararlos con los senadores Édgar Artunduaga y Piedad Córdoba.

En las elecciones de 2006 decidió, pese a la reforma política, mantener la independencia de su movimiento, pero no obtuvo los votos suficientes para alcanzar el umbral electoral, a pesar de haber incluido en su lista a la polémica congresista Rocío Arias Hoyos.