Varios dirigentes liberales y el Partido Conservador (que en esas elecciones desistió de la candidatura del exministro Juan Camilo Restrepo) dieron su apoyo a Uribe.

Además de las FARC-EP y las AUC, el ELN también hacía presencia en la zona fronteriza con Venezuela.

[15]​ Sin embargo, varias organizaciones lanzaron un libro llamado "El embrujo autoritario".

[16]​ Uribe respondió a sus detractores clasificándolos en tres tipos «... unos críticos teóricos que respetamos pero no compartimos su tesis de la debilidad.

[18]​[19]​ Tras el inicio del operativo militar, Araújo tomó la decisión de escaparse buscando proteger su vida, permaneciendo cinco días escondido en la selva buscando liberarse y evitar ser recapturado por sus secuestradores.

[20]​ Sin embargo fue en julio de 2008 cuando el gobierno de Uribe ordenó la Operación Jaque, en la que el Ejército Nacional rescató 15 secuestrados entre los que se encontraban la excandidata Íngrid Betancourt,[21]​ 3 ciudadanos estadounidenses y 11 militares colombianos.

Una vez en el aire los militares redujeron a los dos guerrilleros que los acompañaban.

Posteriormente dos helicópteros del Ejército Nacional invadieron suelo Ecuatoriano para recoger evidencia y remover los cuerpos de guerrilleros muertos.

Sin embargo a raíz del operativo se dio una crisis diplomática entre Bogotá y Quito.

La tarifa de dicho gravamen fue del 1,2%, siendo cobrado en una sola ocasión (en cuatro cuotas).

[37]​ Por otra parte, para promover la industria del turismo, el gobierno de Uribe organizó rutas turísticas protegidas por la fuerza pública.

Estas rutas se denominaron "Las Caravanas Vive Colombia" como parte del programa de seguridad democrática propuesto por Uribe.

[38]​ En 2003 Uribe introdujo un referéndum mediante el cual buscó realizar una serie de reformas estructurales.

[48]​ En enero de 2003 Uribe dio declaraciones a Caracol Radio donde pidió a los Estados Unidos hacer un despliegue militar en Colombia, “equivalente al que se prepara en el golfo Pérsico” mencionó en relación con la Guerra de Irak.

[51]​ Una de las situaciones más tensas surgió a raíz del caso Rodrigo Granda.

Pero en el 2007 las relaciones entre los dos mandatarios se deteriorarían definitivamente después de que Uribe autorizara la mediación de Hugo Chávez en el Acuerdo Humanitario y que tres meses después interrumpiera dicha mediación.

Este incidente causó un enfrentamiento verbal entre los mandatarios por medio de comunicados y las declaraciones públicas que terminaron por minar las relaciones que hasta el momento habían sido cordiales.

[53]​ En otros asuntos, su gobierno se mantuvo al margen de la posición de los Estados Unidos, al mantener relaciones bilaterales con Cuba y no apoyar las mociones contra esa nación en la ONU.

[56]​ De su partido político fueron condenados los senadores Mauricio Pimiento Barrero y Fuad Emilio Rapag.

[66]​ Durante el segundo mandato de Uribe, más 316.000 familias campesinas productoras resultaron beneficiarias del programa Agro Ingreso Seguro (AIS).

[67]​ Sin embargo en octubre de 2008 estalló un escándalo cuando la revista Cambio denunció que el AIS había entregado subsidios a personas prestantes, entre ellas Mario Uribe, primo del presidente.

[70]​ Como consecuencia del desfalco, el entonces Ministro de Agricultura Andrés Felipe Arias, posible sucesor político de Uribe como candidato a la presidencia, fue investigado por la procuraduría la cual lo inhabilitó para ejercer cargos públicos por 16 años.