Alejado de la misma, en 1991 fundó además la asociación Gays por los Derechos Civiles junto a varios exmilitantes de la CHA como César Cigliutti, Marcelo Ferreyra, Gustavo Pecoraro, Juan Pablo González, Ricardo Enrique González, Alejandro Modarelli o Luis Biglié.

En 1992 encabezó la primera marcha del Orgullo Gay Lésbico en la ciudad de Buenos Aires.

Además, presentó dos querellas contra el arzobispo de Buenos Aires Antonio Quarracino por discriminación.

Eso quiere decir que la ciudad debía crear sus propias leyes, entre ellas la Constitución.

Se reconoce y garantiza el derecho a ser diferente, no admitiéndose discriminaciones que tiendan a la segregación por razones o con pretexto de raza, etnia, género, orientación sexual, edad, religión, ideología, opinión, nacionalidad, caracteres físicos, condición psicofísica, social, económica o cualquier circunstancia que implique distinción, exclusión, restricción o menoscabo.

Sus padres eran Carlos José Jáuregui, abogado, y Elsa Guás, maestra de colegio primario.

[12]​[1]​[2]​ Se crio en un barrio de descendientes de italianos y cursó sus estudios en el Colegio Arzobispal José Manuel Estrada y a la vez estudió francés en la Alianza Francesa.

Sobre el descubrimiento de su sexualidad y los miedos al reproche social, dirá: «Estos que me cuestionan y que me critican, indudablemente, son una basura, ¿pero acaso necesito del permiso de los otros?

Al respecto, Jáuregui dijo «Yo sentía que ese lugar me correspondía y, de hecho, si hubiésemos estado casados legalmente me hubiera correspondido [...] Años atrás, la represión policial era nuestra principal preocupación.

[1]​ Entró en una depresión y comenzó a hospedarse transitoriamente en casas de amigos.

Así dejé la investigación y dediqué mi vida a la militancia gay».

[12]​[14]​[2]​[15]​[16]​ Desde la CHA, Jáuregui estableció un frente común con otras organizaciones de Derechos humanos y en septiembre de 1984 la CHA marchó cuando la CONADEP entregó al presidente Raúl Alfonsín el informe Nunca más.

Jáuregui creía que la sexualidad debía ser considerada como «libre ejercicio de los Derechos Humanos» y la CHA entrevistaba a los candidatos para saber sus opiniones y luego publicar los resultados.

[17]​ A través de estos encuentros Jáuregui impulsará una memoria homosexual sobre la última dictadura conocida como "los 400 desaparecidos"[18]​ mediante la cual denunció la persecución y ensañamiento a detenidos-desaparecidos por su condición sexual.

[4]​[14]​[1]​[2]​[21]​ En 1992, junto a varias organizaciones, encabezó la primera marcha del Orgullo Gay Lésbico en Buenos Aires, que contó con alrededor de trescientas personas y a la cual la CHA se opuso originalmente.

[22]​[2]​ En 1994, el cardenal y arzobispo de Buenos Aires Antonio Quarracino dijo que los homosexuales deberían ser «encerrados en un ghetto [...] son una sucia mancha en el rostro de la Nación».

Buenos Aires se convirtió así en la primera ciudad latinoamericana en condenar la discriminación por motivos de orientación sexual.

El presidente de la CHA, por su parte, expresó «Carlos Jaúregui le dio su propia identidad y visibilidad a toda nuestra comunidad gay, lésbica, travesti, transexual, bisexual e Intersexual (GLTTBI).

[9]​[33]​ Pigna dijo en el episodio que «Carlos Jáuregui sembró un terreno fértil para que hoy sea posible vivir en un país con más tolerancia y con igualdad de derechos para todos».