Fue el líder del Partido Demócrata Cristiano, de una corriente interna partidaria identificada como la centroizquierda.

La fórmula del Frepaso para la presidencial en 1995, José Octavio Bordón y Álvarez, ocupó el segundo lugar con un 33% de los votos, estableciéndose como una fuerza importante.

Se desempeñó también como Secretario General del Frepaso, que también incluyó ahora a sus viejos colegas de la Democracia Cristiana.

Poco después del programa, en el que Auyero había debatido fuertemente con Amadeo, se descompensó sufriendo un infarto.

Llevan su nombre la Escuela nacional de Gobierno Dr Carlos Auyero y una plaza en Lanús, Provincia de Buenos Aires, ubicada entre las calles Arias, Purita, Córdoba y Salta.