Sin embargo, no obtendría un cargo de alto rango dentro del partido sino hasta 1962, cuando fue nombrado Secretario Político del Consejo Supervisor y luego Coordinador del Movimiento Nacional Justicialista, en épocas donde el peronismo se encontraba con su líder exiliado a miles de kilómetros de distancia.[4] Después del golpe militar encabezado por el sector nacionalista del General Lonardi, en la autodenominada Revolución Libertadora, estuvo preso por razones políticas un año, tras lo cual marchó brevemente al exilio.A partir de allí hasta 1972 militó activamente en la denominada "resistencia peronista".[6] La denuncia dio lugar a un mito aún vigente, pese a que el piano aún se encuentra en la Secretaría de Cultura de dicha provincia y es utilizado habitualmente en el Teatro Independencia.[6][7] En 1983, con la restauración democrática argentina, Cafiero se convirtió en uno de los dirigentes más importantes y convocantes del justicialismo.Lideró el Movimiento Unidad, Solidaridad y Organización (MUSO) y fue precandidato presidencial en la interna peronista, en la que su candidatura perdió frente a la fórmula Italo Argentino Luder-Deolindo Felipe Bittel.En dichas internas su fórmula resultó derrotada -de modo sorpresivo- por la de Carlos Menem-Eduardo Duhalde.La reelección en la provincia fue posteriormente habilitada para el gobernador que lo sucedió, Eduardo Duhalde.Terminado su periodo como gobernador en 1991, ya durante la presidencia de Menem, fue designado embajador en Chile, cargo que desempeñó hasta 1992, cuando asumió como senador nacional, cargo que desempeñó hasta 2001.Fue varias veces embajador argentino; ante Bélgica, la Comunidad Económica Europea, la Santa Sede y Chile.
Cafiero y Carlos Menem en las internas del PJ en 1988.
