Experimentó extensamente con hormonas y otros posibles remedios para «curar» la homosexualidad, de cuyas consecuencias morirían por lo menos 13 presos en las semanas sucesivas al tratamiento.
En 1923 Vaernet se graduó en medicina junto con Fritz Clausen, más tarde un jefe del partido nacionalsocialista danés.
En 1932 Vaernet inició sus experimentos endocrinológicos utilizando gatos; su colega y rival Sand, a su vez, hace experimentos paralelos con gallinas, partiendo del presupuesto de que la homosexualidad pudiera ser «curada» con el trasplante de testículos sanos a sujetos «enfermos».
Este particular sugiere que los experimentos fueron considerados un fracaso o por lo menos no lo suficientemente creíbles para meritar mención.
Sin embargo, durante su prisión, Vaernet consigue interesar a las autoridades danesas y británicas por sus teorías hormonales para la «cura» de la homosexualidad.
Parece ser que durante esta época, a pesar de estar preso, entra en contacto con la compañía farmacéutica anglo-estadounidense Parke, Davis & Comp.
En los años sucesivos, Vaernet — que había cambiado su nombre a Carlos — abrió en Buenos Aires, en la Calle Uriarte 2251, una consulta médica.