Liga, la quinta categoría del fútbol suizo, sin embargo, tres años después volvió a Segunda División.La siguiente temporada, 2003/04, logró mantener la categoría tras superar al FC Vaduz en una disputada promoción de permanencia.Sin embargo, dos años después disputó nuevamente la promoción, siendo superado por el FC Sion, lo que supuso el primer descenso de su historia a segunda división.Los éxitos continuaron hasta pasado el inicio de la Segunda Guerra Mundial, aunque esta no afectó el suelo suizo, sí lo hizo en la economía y el club por falta de terreno tuvo que cesar sus operaciones.En la temporada 54-55 asciende a la segunda división logrando el equipo el récord de anotar 139 goles y solamente recibir 9.Xamax terminó su primera temporada en la máxima categoría en el 7 º lugar y llegó a la final de copa que perdió ante el clásico rival FC Sion.Al finalizar la década el equipo alterna posiciones en el medio de la tabla y a veces arriesgando en la parte inferior.Estos fueron algunos de los nombres y hombres que ayudaron a crecer al Xamax.En los años 1980, Gilbert Gress llevó al equipo a su mejor actuación, logrando la tercera colocación en el campeonato 1980-81, liga que terminó ganando un grande de Suiza, el FC Zürich.En la temporada 84-85 nuevamente termina en la tercera posición de la tabla, liga que ganaría finalmente el Grasshopper FC.Nuevamente se clasificó a Copa de la UEFA, quedando eliminado en primera ronda contra el Olympiacos griego.En cuanto al título local, esta vez se escapa por solo 2 puntos, campeonato que gana el Servette FC.El equipo no cambia la moral y gana la siguiente temporada, la 1987-88 en una cerrada lucha que mantuvo el suspenso hasta la última ronda, donde consiguió una magnífica victoria en la Maladière.Esa misma temporada Gilbert Gress deja el cargo y la liga resulta dolorosa.En ese torneo se sufre la derrota más dolorosa, un 6-0 frente al FC Basilea en el estadio St.En 2004 el equipo disputó sus partidos en La Chaux-de-Fonds, ya que la Madelière iba a estar inactivo hasta 2007.La tensión estaba en su apogeo, Silvio Bernasconi y Michel Favre empresarios locales se anuncia como un nuevo grupo de accionistas para reanudar las riendas del club.El entrenador croata llegaba con grandes lauros al levantar un tercer puesto con su selección en la Mundial de Francia 1998.A Blazevic no se le renovó el contrato y en su lugar apareció Gérard Castella con un único objetivo, lograr el ascenso.Néstor Clausen, exjugador y entrenador de Independiente y FC Sion se hizo cargo del equipo consiguiendo buenos resultados en la Axpo Super League, lo suceden Jean Michel Aeby, Alain Geiger, Pierre Andre Schürmann, nuevamente Jean Michel Aeby y en septiembre de 2010 se designa a Didier Ollé-Nicolle, exentrenador del OGC Niza, como nuevo entrenador.La primera decisión de la nueva directiva encabezada por el exfutbolista ruso Andrei Rudakov, presidente del consejo de administración del Neuchâtel Xamax, fue destituir al entrenador Didier Ollé-Nicole y reemplazarlo por Bernard Challandes.En este estadio se vio el mítico partido Neuchâtel Xamax-Real Madrid que contó con la asistencia de 25.000 hinchas.
Gilbert Gress logró dos títulos de liga con el club en los años 1980.
