El poder ejecutivo del cantón es desempeñado por un ciudadano con título de Alcalde de Baba, el cual es elegido por sufragio directo en una sola vuelta electoral sin fórmulas o binomios en las elecciones municipales.

Los encargados de aquellas direcciones municipales son designados por el propio alcalde.

El poder legislativo del cantón es ejercido por el Concejo Cantonal de Baba el cual es un parlamento unicameral que se constituye al igual que en los demás cantones mediante la disposición del artículo 253 de la Constitución Política Nacional.

[1]​ El cantón Baba posee siete concejales, los cuales son elegidos mediante sufragio (Sistema D'Hondt) y duran en sus funciones cuatro años pudiendo ser reelegidos indefinidamente.

El cantón se divide en parroquias que pueden ser urbanas como , Baba (cabecera cantonal); o rurales como Guare e Isla de Bejucal, que son representadas por los Gobiernos Parroquiales ante la Alcaldía.