La Cancillería del Führer también jugó un papel clave en el programa de la eugenesia nazi.

[8]​ El KdF estaba compuesto por las siguientes cinco oficinas principales[9]​ (Hauptämter), todas subordinadas directamente a Hitler: Después de 1941, la influencia de Bouhler y la del KdF disminuyeron y Martin Bormann[10]​[11]​ lo desautorizó en gran medida.

[20]​ Para ejecutar las deportaciones, se estableció la organización camuflada Gemeinnützige Krankentransport GmbH, que estaba ubicada en Tiergartenstraße N.° 4.

[21]​[22]​ Al igual que las operaciones de «eutanasia» anteriores, el secreto volvió a ser primordial, ya que Hitler le dijo explícitamente a Bouhler sobre Aktion T4, «la Cancillería del Führer no debe verse en ningún caso activa en este asunto».

[23]​ Muchos empleados de KdF que participaron en T4 se unieron más tarde a la Operación Reinhard, el plan alemán bajo Odilo Globocnik para exterminar a los judíos polacos en el distrito del Gobierno General de la Polonia ocupada por los alemanes durante la Segunda Guerra Mundial.