Originalmente fue una alquería del Reino de Granada denominada "Qaryat Qanalis".Su primera mención como Canales aparece en unas escrituras fechadas el 14 de abril de 1504, siendo los primeros propietarios Fernán Franco y Martín Franco.Por entonces Canales tenía una veintena de viviendas y un horno.El actual pueblo se trasladó en 1996 a una zona más alta del valle del río Genil tras la construcción pocos años antes del embalse de Canales, en la que el antiguo núcleo quedó totalmente sumergido.Anteriormente también discurría por la localidad el tranvía de Granada a Sierra Nevada, que fue cerrado en 1974 por la ampliación de la carretera A-395, quedando posteriormente las vías sumergidas en el pantano.
