El rey Alfonso I de Portugal donó el terreno para construir el monasterio.

La reforma de la orden en Coímbra supuso la fundación del Collegium Sapientiae, importante centro cultural y académico durante siglos, especialmente en Teología y Liturgia.

[3]​ El Papa León X fue el primer pontífice que concedió a los Canónigos Regulares de la Santa Cruz una indulgencia de 500 días por cada Padre Nuestro y Ave María recitados con cuentas bendecidas.

[4]​ El Gregorio XVI y el Papa IX decretaron que estas indulgencias se aplicaran también a las almas del Purgatorio.

Los Canónigos de Santa Cruz fueron suprimidos, como todas los demás órdenes religiosas, por el gobierno portugués en 1834.

En 1983 se fundó en Anápolis (Brasil) el Institutum Sapientiae, continuador del antiguo colegio de Coímbra.

Los Canónigos Regulares de la Santa Cruz se dedican al culto litúrgico solemne, la adoración perpetua del Santísimo Sacramento y al cuidado de las almas.