Segunda Categoría de Manabí 2016

El torneo es organizado por la Asociación de Fútbol No Amateur de Manabí (AFNAM) y avalado por la Federación Ecuatoriana de Fútbol.Estaba previsto el desarrollo del torneo entre el 17 de abril y el 17 de julio de 2016, participando 20 clubes de fútbol, pero debido al terremoto de Ecuador de 2016 el inicio del torneo se aplazó al 14 de mayo de 2016.Además, 8 equipos desistieron de participar, por lo que el torneo se redujo a 12 equipos.Se entregarán 2 cupos al Zonal de Ascenso de la Segunda Categoría 2016 por el ascenso a la Serie B.El sistema determinado por la Asociación de Fútbol No Amateur de Manabí consiste en 2 fases de la siguiente manera: