El campeón fue el Club Olimpia, logrando su título número 37 de Primera División.

Las dos etapas iniciales consisten en cuatro fases: una rueda a diez jornadas de todos contra todos, tras la cual, los ocho equipos mejor ubicados clasifican a la fase de grupos.

El ganador de las finales (dos partidos) es declarado campeón del Torneo correspondiente (Apertura o Clausura).

Finalmente, los equipos ganadores del Torneo Apertura y Clausura disputan una finalísima a partidos de ida y vuelta; cuyo vencedor es coronado campeón de la Temporada 1999.

El campeonato contó con la participación de once equipos, todos pertenecientes al departamento Central y la Capital.

Seis son de la capital del país, Asunción; en tanto que los otros cinco provienen de ciudades cercanas a ésta: Itauguá, Luque, Lambaré, Villa Elisa y San Lorenzo.