En ese paraje concluyó la Guerra de la Triple Alianza (1864-1870), donde Paraguay se enfrentó a poderosos aliados como lo eran Brasil, Argentina y Uruguay; también en ese lugar falleció el mariscal Francisco Solano López exclamando: "Muero por mi patría y mi bandera".
En este conflicto perdieron la vida más del 50% de la población paraguaya; solo quedaron 300 000 pobladores, en su mayoría mujeres.
Tras un buen campeonato en 1993 consiguió su clasificación a la Copa Conmebol 1994, en donde tuvo una destacada actuación.
Un año después, el 5 de septiembre del 2009, Cerro Corá tenía la imperiosa necesidad de ganar para así lograr el ascenso a la División Intermedia y lo logró venciendo por 2 a 1 al Club Atlético Tembetary que fue relegado a la Primera "C", el jugador Eumelio Ramón Palacios[5] más conocido como "Patoruzú" de gran experiencia jugando más de tres décadas en el fútbol paraguayo marcó los goles que llegaron al inicio y al final del partido poniendo así cifras definitivas al marcador para lograr así el ansiado ascenso.
[6] Se destacaron en esa campaña los dirigentes Dr. Fernando Chávez, Dr. Raúl Fernández y Jaime Caballero (todos miembros del Departamento de Fútbol).