El club logró ascender a la Primera División de Paraguay en el Campeonato Paraguayo de Fútbol 2000, pero ese mismo año, descendió a la Segunda División de Paraguay.

En el Torneo Apertura Universal terminó último en la tabla de posiciones con tan solo 8 puntos en 18 partidos jugados, con 2 partidos ganados, 2 empatados y 14 perdidos, anotó 20 goles y 41 en contra.

En el Torneo Clausura tampoco le fue muy bien, solamente logró 6 puntos, terminó en la 9.ª posición solamente sobrepasando al Sportivo Luqueño que terminó último con 3 puntos.

En 2011 en un triangular jugado en Encarnación, en donde el Club Universal participó jugó contra Independiente CG y Crucero del Norte conjunto de la Argentina, en ambos encuentros el equipo encarnaceno perdió por 1 a 0.

Actualmente el Universal participa en la Liga Encarnacena de Fútbol.