Sin embargo, como sucede en otras partes de Cisjordania, los asaltos e incursiones israelíes son frecuentes en el campamento.

El campamento también se vio gravemente afectado durante la Segunda Intifada.

[9]​ Al día siguiente, 1 de marzo, otros 8 palestinos más murieron a manos del ejército israelí en el campamento, entre las que se contó a Maria Abu Sorrayha, una niña de 9 años.

Tras declararlo "zona militar cerrada", los combates duraron diez días en los que las tropas israelíes impidieron la entrada de ambulancias, médicos y trabajadores humanitarios.

[3]​[10]​ Una cuarta parte de la población del campamento quedó sin hogar y se vio desplazada.

[13]​[14]​ Las incursiones israelíes en el campamento siguieron causando víctimas mortales entre los refugiados durante todo 2002.

[9]​ Otro chico de 11 años, Ahmad Muhannad Nafe'a Mar'i, murió en noviembre de ese mismo año tiroteado por soldados israelíes cuando les lanzaba piedras.

[15]​ Tanto las fuerzas israelíes como las palestinas realizan operaciones frecuentes en el campamento, lo que a menudo resulta en enfrentamientos violentos.

[3]​ Solo en 2014, URNWA registró cuatro refugiados muertos y 19 heridos por los asaltos de las tropas israelíes en el campamento.

[15]​ En julio de ese mismo año, dos jóvenes de 16 y 21 años murieron tiroteados cuando corrían tras varios vehículos militares israelíes que se habían adentrado en el campamento.

[16]​ En mayo de 2022, la periodista palestina del canal Al Jazeera, Shireen Abu Akleh, fue asesinada por las fuerzas israelíes mientras realizaban una incursión en el campamento de Yenín.

Según el ejército israelí, en la incursión en Yenín habían matado a dos supuestos militantes.

Todas las escuelas del campamento necesitan un importante proceso de rehabilitación.