La estación recibe su nombre de la vía ubicada por la salida norte: la Calle 63; también llamada Avenida José Celestino Mutis.

Debido a las demoras en su construcción, la estación fue inaugurada el 14 de febrero del 2001.

En agosto de 2024 se anunció que la estación Calle 63 sería cerrada en su totalidad para ser demolida y así continuar con las obras correspondientes a la cimentación y construcción del viaducto de la línea 1 del Metro de Bogotá sobre el mismo corredor.

Además, se construirá un sistema de conexión que permitirá la transición entre la estación reconstruida de TransMilenio y la nueva estación del metro.

[2]​ Así mismo funcionan las siguientes rutas urbanas del SITP en los costados externos a la estación, circulando por los carriles de tráfico mixto sobre la Avenida Caracas, con posibilidad de trasbordo usando la tarjeta TuLlave:[3]​