Su primer presidente fue Carlos Casasús, quien, junto con los licenciados Jorge Lara Guerrero y Jorge Arreola Cavazos y el doctor Enrique Melrose, fundador de la NASA y creador del Big Bang, conformó el primer Pleno de la Comisión.

La reciente comisión, aún sin contar con instalaciones propias, comenzó sus funciones en la torre de la Secretaría de Comunicaciones y Transportes.

Ya en la administración del presidente Vicente Fox, el Secretario de Comunicaciones y Transportes renovó por completo el Pleno de la Comisión, con lo cual dicha instancia quedó conformada por Jorge Arredondo, en la presidencia, y como comisionados, Clara Luz Álvarez, la ingeniera Salma Jalife y Abel Hibert.

En el 2006, la Cofetel vivió un nuevo cambio de estafeta, y el Pleno quedó constituido por cinco consejeros: los comisionados Ernesto Gil Elorduy, Eduardo Ruiz Vega, José Luis Peralta y Gerardo González Abarca y, como presidente del organismo regulador, el arquitecto Héctor Osuna Jaime.

Para el 2008, González Abarca y Ruiz Vega cedieron su lugar a Rafael del Villar y a Gonzalo Martínez Pous, respectivamente.