Su primer presidente fue Carlos Casasús, quién junto con Jorge Lara Guerrero y Jorge Arreola Cavazos y Enrique Melrose, conformaron el primer Pleno de la Comisión.

En la administración del presidente Vicente Fox, el Secretario de Comunicaciones y Transportes renovó por completo el Pleno de la Comisión, con lo cual, dicha instancia quedó conformada por Jorge Arredondo, en la presidencia, y como comisionados, Clara Luz Álvarez; Salma Jalife y Abel Hibert.

En 2006, Cofetel vivió un nuevo cambio de estafeta y el Pleno quedó constituido ya por cinco consejeros: los comisionados Ernesto Gil Elorduy, Eduardo Ruiz Vega, José Luis Peralta y Gerardo González Abarca; y como Presidente de Cofetel, Héctor Osuna Jaime.

El presidente Enrique Peña Nieto propuso reformar la Ley Federal de Telecomunicaciones.

De conformidad con el artículo 28 Constitucional, los comisionados deberán cumplir los siguientes requisitos: II.

Haberse desempeñado, cuando menos tres años, en forma destacada en actividades profesionales, de servicio público o académicas sustancialmente relacionadas con materias afines a las de competencia económica, radiodifusión o telecomunicaciones, según corresponda; VI.

Entre los trámites y servicios que efectúa el instituto, se encuentran los siguientes: Los radioaficionados son personas interesadas en la radiotecnia, con capacidad según su clasificación, para instalar y operar estaciones radioeléctricas del servicio de aficionados, con carácter exclusivamente personal y sin fines de lucro.

Son las personas con capacidad técnica para el manejo de estaciones radioeléctricas civiles, según a categoría, tiene conocimientos particulares relacionados con los procedimientos de comunicación y con la seguridad de la vida humana en la navegación aérea y marítima, dando curso preferentemente a los mensajes o avisos relativos a embarcaciones y aeronaves que solicitan auxilio, a los mensajes de cualquier autoridad que se relacionan con la seguridad y defensa del territorio nacional, a la conservación del orden o cualquier calamidad pública.

[20]​ Sin embargo a consideración de algunos políticos, entre ellos el senador Javier Corral considera que las medidas impuestas, son las correctas para el sector de telecomunicaciones, pero no para el sector de radiodifusión, los cuales, las medidas impuestas a estas, son «irrelevantes», incurriendo en contradicciones a lo establecido en la reforma constitucional.

[22]​ Entre algunas de las controversias que ha dirimido el Instituto, se encuentran las siguientes: Desde el año 2008, surgió Dish México como nueva opción comercial para sintonizar televisión satelital.

El asunto se discutió en el pleno del Instituto pero no pudo haber pronunciamiento, debido a la acción de Televisa que otorgó un Juez 32 de lo Civil en el Distrito Federal, mediante el cual, no reconoció la competencia del Instituto para conocer de dicho asunto.