Se enmarca en la reforma procesal penal, que buscó reemplazar el sistema procesal penal inquisitivo por uno acusatorio formal, oral y público.

Fue aprobado mediante la Ley n.º 19696, promulgada el 29 de septiembre de 2000 y publicada el 12 de octubre del mismo año.

El texto original tenía 485 artículos permanentes y 1 transitorio, distribuidos en 4 libros y un título final.

Para los casos que involucran militares activos en la época de la dictadura militar de Augusto Pinochet, se utiliza el antiguo sistema procesal penal originado en 1906, sin las garantías introducidas con la reforma efectuada entre el 2000 y 2005.

[1]​ Estos militares cumplen condena en el Penal de Punta Peuco o en Colina 1.