Al iniciarse la Decena Trágica quedó a las órdenes de Victoriano Huerta para atacar la Ciudadela.

Otros importantes combates fueron los de Valles, Huejutla, Cazones, Tecolutla, Gutiérrez Zamora, Papantla, Misantla y Xalapa.

En 1914 fue nombrado Gobernador de Veracruz, puesto que ocupó hasta 1916.

Durante el Congreso Constituyente fue diputado por Veracruz y fue su primer vicepresidente.

Partió para Estados Unidos pero más tarde regresó a México, y para 1923 se adhirió al movimiento delahuertista, operando en el Sureste.

Exiliado de nuevo, regresó al país en 1939, gracias a la amnistía concebida por Lázaro Cárdenas.

Tres años después, en los años finales del alemanismo en la presidencia, Cándido Aguilar no dudó en criticar al presidente de la república por algunas de sus acciones corruptas y su influencia en las contiendas electorales.