Allí se instaló definitivamente en 1972, al tiempo que la Municipalidad adquiría otras dos casas cercanas que se contaban entre las más antiguas de la ciudad: los Altos de Elorriaga y los Altos de Ezcurra.
Ambas se encontraban en avanzado deterioro, y no fue hasta el año 2008 cuando se emprendió definitivamente su restauración y puesta en valor.
Fue el primer antecedente de las áreas protegidas que iban a ser recién impulsadas en la década de 2000.
En 2006, luego de 38 años a cargo y con 75 de edad, José María Peña fue reemplazado en la dirección del Museo, por uno de sus colaboradores cercanos: Eduardo Vázquez.
Posteriormente la dirección estuvo a cargo del museólogo Ricardo Pinal Villanueva, y en diciembre de 2019, Dolores Jaureguialzo asumió como directora del museo.