La Bota de Oro 1998–99 fue un premio entregado por la European Sports Magazines al futbolista que logró la mejor puntuación luego de promediar los goles obtenidos en la temporada europea.
[1] El ganador de este premio fue el jugador brasileño Mário Jardel por haber conseguido 36 goles en la Liga de Portugal.
[2][3][4] Jardel ganó el premio cuando jugaba para el FC Porto.