Fue traspasado cuatro años después al Sportclub Heerenveen y después al PSV Eindhoven con el que se proclamó en dos ocasiones campeón de la Eredivisie y máximo goleador del campeonato.

[1]​ Después de una temporada en la que apenas jugó cuatro partidos fue traspasado al Hamburgo SV.

[1]​ Su primer equipo fue el FC Den Bosch, con el que debutó en la temporada 1993/94 en la segunda división neerlandesa el 3 de mayo de 1994 ante el ADO Den Haag, partido que perdió por 5 a 1 y en el cual entró en el minuto 52 por René Nijhuis.

Sin embargo, no anotó ningún gol en 4 partidos y su equipo fue eliminado en la fase de grupos.

[10]​ Esa temporada su entrenador fue Bobby Robson, terminó como máximo goleador de la Eredivisie 1998-99, con 31 tantos en 34 partidos, y fue nombrado Futbolista del año en los Países Bajos, aunque su equipo fue tercero a 19 puntos del Feyenoord Róterdam.

Eric Gerets sustituyó a Robson en el banquillo y Ruud convirtió 29 goles en 23 encuentros (máximo goleador), en la temporada 1999-00, en la cual se adjudicaron el título de liga, además de ser por segunda ocasión "Futbolista del año en los Países Bajos".

[14]​ Ferguson envió representantes a ver un partido del PSV, y al día siguiente firmaron un contrato con el jugador.

Su regreso al primer equipo se produjo dos días después, frente al Roda y finalmente disputó 10 partidos, en los que anotó 2 goles para ayudar a su equipo a ganar el título de liga.

Cuando el fichaje por el Manchester se completó en abril de 2001, tuvieron que pagar 500.000 libras adicionales al PSV.

[22]​ En la FA Cup disputó 3 partidos y anotó 4 goles, pero fueron eliminados en la quinta ronda ante el Arsenal.

Con 14 goles en 11 encuentros fue el máximo goleador de la competición y elegido como mejor delantero por la UEFA.

Su gol número 100 como jugador del Manchester fue el 7 de febrero de 2004, ante el Everton FC, terminando la temporada con 20 goles en 32 partidos (tercero máximo goleador tras Henry y Shearer), aunque el equipo terminó en tercera posición a 15 puntos del Arsenal.

Sin embargo, contra pronóstico fueron eliminados en los octavos de final ante el FC Oporto (terminaron ganando el torneo) por 3 a 2 en el global.

[31]​ A final de año se publicó la autobiografía del medio francés Patrick Vieira, en la que afirmó: Su último año en el club fue en la temporada 2005/06, en la que anotó 21 goles en 35 encuentros de liga (segundo máximo anotador), en la cual fueron segundos a 8 puntos del Chelsea FC.

En la FA Cup fueron eliminados por el Liverpool en la 5.ª ronda, pero se adjudicaron la Copa de la Liga tras derrotar al Wigan Athletic en el Millennium Stadium por 4 goles a 0 (disputó el segundo partido de semifinales y anotó un gol).

Volvió al equipo ante el West Ham United y el Bolton Wanderers, pero no ante el Charlton Athletic debido a un enfrentamiento con Cristiano Ronaldo.

Ganó el título de liga con 76 puntos, los mismos que el FC Barcelona, además se adjudicó el Pichichi tras anotar 25 goles en 37 encuentros, formó parte del once ideal de la temporada en el Premio Don Balón y del L'Équipe, y tras anotar 14 goles en 14 encuentros batió el récord de Hugo Sánchez marcando en 7 partidos consecutivos.

[37]​[38]​ Jugó contra el FC Barcelona en el Camp Nou, donde hizo dos goles en el empate de su equipo 3 a 3.

En esta ocasión el rival fue el Valencia CF y tras ser derrotados en la ida, se impusieron por 4 a 2, con un gol suyo.

[43]​ Terminó la Liga con 4 goles en 6 partidos, y el equipo fue segundo a 9 puntos del FC Barcelona.

Diez minutos después, en su único disparó a puerta del partido, anotó el quinto gol de los blancos, pero al apoyar la rodilla izquierda sobre el césped en el remate, sufrió una rotura en el cuádriceps que le tuvo nuevamente en el dique seco durante 5 semanas.

En la liga terminaron en séptimo puesto con 52 puntos, por lo que no se clasificaron para jugar competiciones europeas.

Ruud no ocultó en ningún momento su ilusión por volver a un club por el que siente mucho cariño, pero el Hamburgo no se mostró en ningún momento dispuesto a negociar y el jugador afrontó el resto de la temporada hasta que cumplió su contrato.

[53]​ En sus primeras palabras tras ser presentado afirmó que "Quiero ayudar a este equipo con muchos goles".

[57]​ Después de varios amistosos durante el año 1999, no pudo disputar la Eurocopa 2000 por una lesión.

Su técnico no lo alineó en el partido que perdieron por un gol a cero en los octavos de final ante la selección de Portugal y se hizo público que antes del partido discutió con el entrenador.

Disputaron una magnífica primera fase en la que golearon a Italia (3-0), Francia (4-1) y Rumania (2-0).

Sin embargo, después anunció que volvería para jugar su último Mundial, si el técnico nacional así lo disponía,[65]​ aunque finalmente no fue convocado.

[70]​ En junio de 2018, se convirtió en el entrenador del PSV sub-19, reemplazando a Mark van Bommel.

[76]​El 11 de noviembre, tras la llegada del nuevo entrenador Rúben Amorim, abandonó el club.