El ataque produjo una crisis diplomática regional por la violación colombiana de la soberanía territorial ecuatoriana y por la presencia ilegal de las FARC-EP en Ecuador, grupo en ese entonces considerado terrorista en Colombia.[6] Entre sus pertenencias estaban una argolla de matrimonio y un reloj Rolex,[7] el cual facilitó la identificación del cadáver.[8][9] El presidente Rafael Correa ordenó una investigación de los hechos tras ser informado del incidente por su par colombiano Álvaro Uribe Vélez.[14] Luis Édgar Devia Silva, alias Raúl Reyes fue un guerrillero colombiano, considerado como terrorista por el Estado colombiano lo mismo que por otros gobiernos, miembro del Secretariado, portavoz y asesor del Bloque Sur de las FARC-EP.Contra Raúl Reyes había varias condenas y 25 órdenes de captura por terrorismo, homicidio agravado, narcotráfico, secuestro con fines terroristas, rebelión, lesiones personales y porte ilegal de armas.Acusado de la producción, comercialización y tráfico organizado desde Colombia hacia las selvas del Brasil.La familia anunció que viajaría a Bogotá para identificar y reclamar el cuerpo.La Fiscalía ecuatoriana anunció que se hará un "examen complementario" del cuerpo para determinar la causa de muerte.El gobierno ecuatoriano sospecha que se habría presentado una ejecución en los casos de Aisalla y las otras tres personas examinadas.El ministro de Gobierno, Fernando Bustamante, dijo ignorar si Aisalla murió en Angostura o en Bogotá.[30][31] Los estudiantes Soren Ulises Avilés Ángeles, Fernando Franco Delgado, Juan González del Castillo y Verónica Natalia Velásquez Ramírez, todos de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) fueron identificados por el gobierno ecuatoriano como desaparecidos que podrían estar entre los muertos hallados en el campamento de las FARC-EP.[33] Al día siguiente, los restos fueron cremados y posteriormente enviados a México.[37] Según Morett, la visita al campamento fue organizada por los otros mexicanos que murieron en el ataque, y el motivo de la misma fue conocer "cómo ahí en ese campamento se llevan a cabo actividades culturales".Poco antes de que viajaran a Nicaragua, la fiscalía ecuatoriana pidió prisión para las tres por su relación con el grupo guerrillero atacado por Colombia, acción que provocó la ruptura de relaciones diplomáticas entre Bogotá y Quito.Morett, en una versión libre, “se declaró totalmente inocente, pero después aparecieron videos (...) y ahí acepta ciertos contactos” con las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia, señaló Pesántez al canal de televisión Ecuavisa.[38][39] Según reporte de la AFP, la revista Resistencia, órgano de las FARC-EP, había negado en un principio que Raúl Reyes y los guerrilleros que lo acompañaban hicieran presencia en el Ecuador.[41] Tras la muerte de Reyes, el presidente ecuatoriano Rafael Correa declaró que el presidente colombiano le había informado de la situación y dijo que enviaría a sus fuerzas militares a investigar los hechos ocurridos en la zona fronteriza.[42] Según Correa, los guerrilleros muertos fueron bombardeados y "masacrados" utilizando "tecnología punta" mientras dormían en su campamento, probablemente con ayuda de alguna "potencia extranjera", y el ejército colombiano ingresó al Ecuador únicamente para recuperar el cadáver de Reyes, abandonando los demás.Lamentablemente esta cooperación bilateral no se verificó en torno a los hechos descritos, que por tanto significan la vulneración de la integridad territorial y el ordenamiento legal de Ecuador".Muchas veces Colombia ha padecido estas situaciones que estamos obligados a evitar en defensa de nuestros ciudadanos".Para el Ministerio de Relaciones Exteriores de Colombia, las tropas colombianas ingresaron a territorio ecuatoriano "para registrar el sitio desde donde recibieron disparos y al cual atacaron", recuperando posteriormente el cadáver de Raúl Reyes y otro guerrillero al igual que documentación y tres computadores.[58] Finalmente, entre los cables que emergieron como resultado de los wikileaks, la opinión del gobierno de los Estados Unidos fue que los estudiantes mexicanos efectivamente eran estudiantes y no tenían ligas con las FARC.[60] El presidente francés Nicolas Sarkozy dijo que el hecho se producía en un momento crucial y expresó estar muy preocupado por la seguridad de los rehenes que permanecen en poder de las FARC-EP.[62] El canciller francés, Bernard Kouchner, dijo a radio Francia Internacional que "es una mala noticia que el hombre con el que estábamos dialogando, con quien teníamos contactos, haya muerto", en referencia a las gestiones para lograr la liberación de Íngrid Betancourt y otros rehenes.Las resoluciones de las cumbres permitieron que el conflicto no se agravara, mientras que sectores de la sociedad buscaron aliviar las tensiones con manifestaciones como el concierto Paz Sin Fronteras.El gobierno ecuatoriano alegó en la demanda que Aisalla había muerto por 'golpes a la cabeza' propinados presuntamente por los militares colombianos.El gobierno de Colombia alegó que las heridas habían sido producto del bombardeo.La Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH), organismo adscrito a la OEA se declaró competente para investigar la demanda ecuatoriana por la muerte del ciudadano ecuatoriano Franklin Aisalla durante la Operación Fénix.
La muerte de Raúl Reyes desató un incidente diplomático regional.
Protesta en México por la muerte de los estudiantes mexicanos.
