Al asumir la presidencia, declaró que Sankara había “traicionado el espíritu de la revolución”.

Luego inició una política de "rectificación de la Revolución", en realidad un retorno a las relaciones normales con Côte d'Ivoire e implícitamente con Francia, que anteriormente se había deteriorado.

Posteriormente, él mismo organizó un nuevo gobierno militar denominado Frente Popular (FP) en sustitución del CNR.

Los principales partidos de la oposición boicotearon las elecciones para protestar contra su toma ilegal.

En esta elección, la participación fue del 25%, con un nivel muy alto de abstención en estas, lo que refleja la fuerte inestabilidad política y la protesta entre la población.

Los partidarios de Compaoré disputaron esto, argumentando que la enmienda no podía aplicarse retroactivamente.

2005, Compaoré fue reelegido frente a otros 12 candidatos, acreditándose con el 80,35% de los votos.

Aunque 16 partidos de la oposición anunciaron una coalición para evitar que Compaoré retuviera el poder, finalmente nadie quiso ceder su puesto a otro líder de la coalición y la alianza fracasó.

Apenas una semana antes de que los rehenes fueran liberados, Ould Sid Ahmed Ould Hama, el secuestrador, huyó a Malí antes de ser encontrado y encarcelado durante 12 años.

Los perdedores denunciaron fraude en esas elecciones y 4 de ellos se negaron a reconocer los resultados.

Sus acciones finalmente se extendieron al complejo presidencial y otras bases militares.

[2]​ Sin embargo, la resolución de Compaoré no fue acatada por el Ejército, que en su mayoría apoyaba abiertamente las revueltas civiles y consideraba la decisión del presidente como una maniobra para continuar al frente del Ejecutivo aun nombrando a nuevos miembros de gabinete.

Más tarde, ese mismo día, los militares, bajo el mando del general Honoré Traoré, anunciaron que instalarían un gobierno de transición "en consulta con todas las partes" y que la Asamblea Nacional quedaba disuelta; Previó "un retorno al orden constitucional" en el plazo de un año.

[3]​ Sin embargo, se desvió antes de llegar a la ciudad y luego huyó a Costa de Marfil con el apoyo del presidente Alassane Ouattara.

A su llegada Compaoré pidió «disculpas al pueblo de Burkina Faso por todos los actos que pude haber cometido durante mi mandato y, más particularmente, a la familia de mi hermano y amigo Thomas Sankara».

Blaise Compaoré fue convocado nuevamente para responder a las preguntas de los jueces.

[18]​ Sin embargo, no se presentó ante el tribunal, por lo que fue juzgado in absentia.