La biota silvestre de Japón incluye su flora, fauna y hábitats naturales.
En el sur hay especies asiáticas del sureste, típicas de las regiones tropicales.
Japón también tiene muchas especies endémicas que no se encuentran en ningún otro lugar.
Las especies más grandes son los osos, Ussuri oso marrón (Ursus arctos) que se encuentra en Hokkaidō donde juega un papel importante en la cultura de los Ainu.
La mayoría de las aves no endémicas están compartidas con China pero unos cuantos se originaron en Siberia o Asia del sureste.