La biomasa microbiana puede bloquear el flujo de agua en los espacios porosos del suelo, formando un capa gruesa e impermeable.
Para minimizar los efectos de biobstrucción, puede ser necesario el pretratamiento del agua para reducir los sólidos suspendidos, los nutrientes y el carbono orgánico.
Incluso operado con estas cautelas, es probable que la biobstrucción ocurra debido al crecimiento microbiológico en la superficie infiltrante.
Los campos de drenaje séptico también son susceptibles a la obstrucción biológica porque aguas residuales ricas en nutrientes fluyen continuamente.
El agua inyectada desplaza el petróleo en el depósito que se transporta a los pozos de recuperación.
En esta situación, se puede emplear la técnica "modificación del perfil bacteriano" [35] que inyecta bacterias en la zona de alta permeabilidad para promover el bioclogging.
A esto se le conoce como extracción de petróleo mejorada por microbios .