Además de esto, jugó para JCT Mills, que ganó la liga una vez durante su mandato; y Mohun Bagan, que no logró ganar la liga una vez durante sus dos períodos, en su India natal.

[7]​ En 1993, a la edad de dieciséis años, dejó la escuela para unirse al profesional East Bengal FC en Calcuta.

[9]​ Bhutia fue el máximo goleador de la liga y fue elegido para hacer su debut internacional en la Copa Nehru Fue nombrado "Jugador Indio del Año 1996".

[11]​ Además, se convirtió en el jugador número 19 en recibir el Premio Arjuna en 1999, que entrega el Gobierno de la India a los atletas para reconocer sus "logros sobresalientes" en los deportes nacionales.

Se convirtió en el segundo futbolista indio en jugar profesionalmente en Europa después de Mohammed Salim.

[13]​ Esto siguió a los ensayos sin éxito para Bhutia con Fulham, West Bromwich Albion y Aston Villa.

[19]​ Una lesión recurrente en la rodilla lo limitó a solo tres juegos en su última temporada en Bury, y fue liberado después de que el club fuera puesto en la administración.

Bhutia anotó un gol en la final, una victoria por 3-1 sobre Tero Sasana, y fue nombrado el "jugador del partido".

[26]​ En la temporada 2003-04, Bhutia anotó 12 goles mientras que East Bengal ganó la liga por cuatro puntos del Dempo, segundo clasificado.

[27]​[28]​ Durante la temporada 2004-05, Bhutia anotó nueve goles para el East Bengal, que terminó en el tercer lugar detrás del SC Goa y el campeón Dempo.

Hizo solo cinco apariciones, anotando un gol, ya que el club tenía problemas monetarios.

Sin embargo, la temporada 2006-07 fue mala para Bhutia y Mohun Bagan, ya que terminaron octavos en la liga, solo una posición por encima del descenso.

[38]​ Como resultado del incidente de Jhalak Dikhhla Jaa, Mohun Bagan lo suspendió durante seis meses.

[39]​ Se citó a Bhutia diciendo: "Es solo una estratagema mantenerme en Mohun Bagan durante otra temporada.

Aunque debido a las bajas que sufrieron las lesiones en los últimos meses, Bhutia cree que regresará la próxima temporada después de un descanso de tres meses y si alguna vez decide renunciar, lo haría desde el East Bengal.

La temporada pasada, Bhutia dijo que deseaba retirarse con los colores rojo y dorado "una última vez".

Dos años después, el torneo se celebró en Goa y la India defendió con éxito su título al vencer a Bangladés 2-0 en la final.

[58]​ En la Copa Nehru 2007, Bhutia anotó un penal en una victoria por 6-0 sobre Camboya en el partido inaugural del torneo.

[61]​ Bhutia jugó un papel importante en la final ya que estuvo involucrado en la preparación para el gol ganador de N. P. Pradeep contra Siria durante el cual India ganó 1-0 para convertirse en campeones.

[64]​ El Campeonato SAFF 2008 comenzó con una victoria por 4-0 sobre el vecino Nepal, Bhutia anotó el segundo gol en el minuto 34.

[67]​ El Snikimese Sniper anotó un gol en la final contra Tayikistán, durante el cual India ganó 4–1 gracias a un triplete de Sunil Chhetri; La victoria también les permitió clasificarse automáticamente para la Copa Asiática AFC 2011.

También fue declarado "Jugador del Torneo" por sus actuaciones estelares en todos los partidos, incluido el decisivo en el que vencieron a Siria en un tiro de penales.

[71]​[72]​ En la Copa Asiática AFC 2011 en Catar, Bhutia se lesionó por sus primeros dos partidos contra Australia y Baréin, pero llegó como suplente en la segunda mitad contra Corea del Sur, pero no pudo salvar a India, perdiendo 4–1 cuando fueron eliminados.