De joven viajó a Roma y entró al servicio del Príncipe Borgia.

Luego fue nombrado organista de la Basílica Santa Maria Maggiore.

Disfrutó la protección de la reina Cristina de Suecia, en cuyo honor compuso en 1679 la ópera Dov'é amore é pieta ("Donde están el amor y la piedad").

Durante la segunda estadía de Alessandro Scarlatti en Roma (1703-1708), Pasquini y Arcangelo Corelli se asociaron frecuentemente con él para interpretar música, especialmente en conexión con la Academia Arcadia, de la cual los tres eran miembros.

Pasquini murió en Roma, y fue enterrado en la iglesia de San Lorenzo in Lucina.