[2]​[4]​[5]​ A fines del año de 1790 fallecería su madre, en cuya herencia (a la que se le había sumado los derechos de su hermana Sor Teresa, que había adquirido poco antes por compra) le correspondió las haciendas El Trapiche, Sihuatán y San Lucas Grande, así como los derechos en la hacienda San Diego.

Posteriormente, en 1808 falleció su tío Manuel de Arce, quien residía en la hacienda Ichanqueso (propiedad de la familia Arce que había sido comprada por su abuelo Tomás de Arce y Villarías), la cual heredó Bernardo al ser el pariente varón mayor aún con vida.

Sin embargo, dejó ese puesto al siguiente día por motivos de salud, a la vez que fue nombrado como uno de los regidores del nuevo ayuntamiento, que tenía a su cuñado Leandro Fagoaga y a José María Villaseñor como alcaldes ordinarios de primer y segundo voto respectivamente.

[2]​[6]​[7]​ En 1812, adquirió la hacienda San Lucas Chiquito o El Morro (también conocida como de Carrillo), para cuya compra aumentó en tres mil pesos la deuda que había contraído con el Montepío de Cosecheros de Añil y en 1500 la deuda que tenía con la casa que alquilaba a Gregorio Castriciones.

En diciembre de ese mismo año, fallecería en San Salvador.