En la Gregoriana realizaba cursos sobre la Trinidad y de Cristología en años alternos, componiendo obras fundamentales sobre estos temas.
En 1964, tuvo nuevamente que volver precipitadamente a América del Norte, para curarse de un cáncer en los pulmones.
Lonergan buscó hacer en el siglo XX lo que santo Tomás de Aquino hizo en su época.
Ha desarrollado este programa en sus dos obras más importantes La inteligencia: estudio sobre la comprensión de la experiencia (1957) y El método en teología (1972).
A menudo se le agrupa con Karl Rahner, Emerich Coreth y Joseph Maréchal entre los tomistas trascendentales.