Durante esta batalla, arribó a Manila el Escuadrón 201 de México, que comenzó sus operaciones en la última fase del conflicto.

El personal estadounidense discutió la posibilidad de recuperar las Filipinas en este punto, pero inicialmente fue rechazado por razones estratégicas: las tropas estadounidenses ya estaban operando en las islas Salomón y Nueva Guinea, razón por la cual no había suficiente capacidad de tropas y embarcaciones disponibles para recuperar las Filipinas.

[6]​ La invasión de Leyte fue la operación anfibia más grande realizada por las fuerzas estadounidenses y aliadas en la guerra del Pacífico, hasta ese momento.

Como resultado, las formaciones estaban muy dispersas y, en caso de un ataque, no podían reunirse rápidamente para presentar un frente continuo al enemigo.

Se ordenó entonces al general MacArthur que lanzara una operación a gran escala contra la isla de Luzón.

Sin embargo, el avión fue atacado y derribado sobre Cebú por dos Grumman F6F Hellcats de la flota, matando a todos sus tripulantes.

[22]​ El alto mando de Luzón decidió, a petición del almirante Matome Ugaki, organizar un fuerte ataque kamikaze contra la flota estadounidense.

Uno cayó sobre un buque cisterna en un ataque kamikaze, en el que su motor atravesó la cubierta y explotó en la sala de máquinas, matando a doce marineros además del piloto.

[20]​ Otras unidades fueron atacadas, pero pudieron ser remolcadas a las bases navales de Ulithi, Leyte o Pearl Harbor.

Dos de los cazas japoneses atacaron al crucero USS Louisville con ataques kamikaze, pero fueron alcanzados por las defensas antiaéreas a unos metros por encima del barco.

Ese día, las tropas estadounidenses intentaron, en parte con la ayuda de lanzallamas o explosivos, conquistar las posiciones japonesas y hacerlas retirarse desde Horseshoe, lo que no fue del todo exitoso.

Luego se ordenó al 3.º Batallón del coronel Jenna, que asaltara la cadena de colinas en el flanco izquierdo para aliviar la presión sobre las tropas estadounidenses.

[26]​ En la noche del 5 de febrero, los japoneses se retiraron casi por completo, pero aún mantuvieron el paso bajo fuego.

Aproximadamente, 3900 soldados japoneses murieron en las batallas que duraron varios días, y los sobrevivientes se retiraron a San Miguel.

Casi simultáneamente, la 36.ª División avanzó desde el sureste, lo que también abrió una brecha en la defensa, y se trasladó a San Miguel.

Por lo tanto, los soldados se resguardaron en trincheras fortificadas con sacos de arena y esperaron a que llegaran las unidades blindadas.

[43]​ Debido a esto, los soldados estadounidenses avanzaron muy lentamente y, en la noche del 19 de febrero, solo habían capturado dos barangays.

[6]​ La segunda línea fue relativamente la más fuerte y, en los informes estadounidenses se la denomina Main Line of Resistance (MLR).

El teniente coronel Eguchi contactó por radio al cuartel general japonés en Manila varias veces durante este período para recibir nuevas órdenes.

Tres contraataques nocturnos más fallaron, dejando la pista completamente en manos estadounidenses y asegurada a la mañana siguiente.

Unos 14 000 infantes de marina comandados por el vicealmirante Sanji Iwabuchi y unos 10 000 soldados del ejército permanecieron en la capital, Manila.

El 6 de febrero, se enviaron seis cañones antitanque y poco después los soldados estadounidenses los usaron para destruir tres tanques japoneses.

Se solicitó apoyo de tanques estadounidenses, ya que los GI y los soldados filipinos fueron inmediatamente recibidos a disparos al avanzar hacia la ciudad.

Las bajas estadounidenses por trampas explosivas, granadas de mano y ametralladoras fueron relativamente altas, aunque los japoneses no lucharon tan duro como en enfrentamientos anteriores en Luzón.

Durante este período, participaron en 53 misiones de apoyo aéreas, así como en varios combates terrestres contra tropas japonesas.

Mientras tanto, las tropas japonesas habían logrado al menos expandir parcialmente la línea de defensa en las montañas, y Yamashita ya estaba tratando de llevar tantos suministros como fuera posible desde Baguió a la Sierra Madre y reunir tropas allí en abril.

Estos dos lugares estaban particularmente bien fortificados y también se ordenaron allí los últimos tanques de la 2.ª División Blindada.

Pero las tropas estadounidenses detuvieron su avance a principios de agosto para prepararse para el asalto final contra los japoneses en Luzón.

Ese mismo día, se anunció un armisticio tras el cual las unidades estadounidenses dejaron de luchar contra las posiciones japonesas en la Sierra Madre.

[66]​ Sin embargo, el general Yamashita, junto con otros 167 oficiales y soldados japoneses, incluido el general Homma Masaharu, que había conquistado Filipinas en 1942, fue acusado durante los juicios por crímenes de guerra en Manila, entre otras cosas, por los crímenes de guerra cometidos por sus tropas en Luzón y declarado culpable.