Construida originariamente en el siglo IV, la iglesia fue dedicada a san Sebastián, un mártir romano del siglo III muy venerado en toda la Cristiandad.Los restos de san Sebastián fueron retirados en torno al año 350, y transferidos a San Pedro del Vaticano en 826, por temor a un asalto de los sarracenos, que se materializó, causando la destrucción de la iglesia.El lugar de culto fue reedificado por el papa Nicolás I (858-867) y el altar del mártir fue consagrado nuevamente por el papa Honorio III a petición de los cistercienses, que recibieron el encargo de cuidar la iglesia.El edificio actual obedece a la reconstrucción ordenada por el cardenal Scipione Borghese en el siglo XVII y ejecutada primero por Flaminio Ponzio y después por Giovanni Vasanzio.La imagen en mármol del santo yacente es de Giuseppe Giorgetti.
