[6]​ Según la tradición, habría sido el propio Francisco quien habría indicado el lugar donde deseaba ser enterrado, en la colina más baja de la ciudad donde generalmente eran enterrados los sediciosos y los condenados por la justicia (quizás llamado por este motivo Collis inferni, 'colina del Infierno').

Esta colina, donada por Simone di Pucciarello, pasó pronto a llamarse Collis paradisi ('colina del Paraíso') y sobre ella se construyó la nueva basílica, en el extremo noroeste de la ciudad amurallada.

Un segundo objetivo estaba más estrechamente vinculado al papado, que veía en ese momento a los franciscanos, tras la desconfianza inicial, como unos aliados que le permitirían estrechar vínculos con las clases más humildes y populares.

Los benefactores debieron haber respondido a la llamada, como Jacqueline de Septisoles, a quien Francisco llamó «hermano Jacqueline», y que es la única laica que obtuvo el privilegio de ser enterrada allí.

El mismo año, Elía, que se había convertido en ministro general de los Frailes Menores, decidió que la orden debía contribuir y organizó misiones y colectas con este fin en todas las provincias franciscanas.

Se desconocen los nombres de los arquitectos; las hipótesis planteadas serían que habría sido el propio hermano Elías, Lapo o Jacopo Tedesco (este último es mencionado por Giorgio Vasari ), fray Giovanni della Penna o fray Filippo da Campello.

Las milicias comunales debieron intervenir; ya que algunos, al parecer, se habían apoderado de reliquias.

Para evitar disturbios, el podestà y Elías prohibieron a la multitud, pero también a los frailes menores y al ministro general, entrar en la basílica cuyas puertas quedaron cerradas y el acceso vigilado por hombres armados, lo que generó una gran frustración entre los laicos que esperaban la llegada de milagros que solían ocurrir durante los traslados de reliquias.

[8]​ Según la tradición, el cuerpo se ocultó para evitar que fuese robado: en la década de 1480, el papa franciscano Sixto IV hizo realizar trabajos para hacer inviolable la tumba, cuyo lugar se mantuvo en secreto, lo que suscitó un cierto número de especulaciones.

Con autorización de Pío VII, se excavó la cripta, que fue realizada en estilo neoclásico bajo la dirección del arquitecto romano Pascual Belli.

Inicialmente, la basílica (inferior) debía corresponder a los actuales tramos segundo, tercero y cuarto.

La estructura, bastante simple, fue rápidamente modificada con líneas más majestuosas, inspiradas en parte en la arquitectura románica lombarda, y sugerencias góticas que recuerdan a los edificios construidos por la orden cisterciense.

La doble función del edificio se organizó de la siguiente manera: en el nivel inferior, la iglesia sepulcral y la cripta, destinada al uso de hermanos y laicos que deseasen acercarse a la tumba del santo; arriba, la sala monástica, el espacio para los sermones, destinado a los servicios solemnes y que sirvió de capilla pontificia cuando el papa residía en Asís.

A finales del siglo XIII, la basílica inferior se enriqueció de capillas laterales, todas en estilo gótico.

El tesoro de la basílica fue saqueado varias veces: en 1320 por Muzio di Francesco, líder de los exiliados gibelinos que reconquistaron la ciudad; en 1492 por los Baglioni, en 1497 por Jacopo Fiumi y a finales del siglo XVIII por los franceses.

Unas nueve horas más tarde, otro terremoto se repitió en la zona, provocando la muerte de dos frailes y dos técnicos que se hallaban supervisando los daños que el primero había provocado en la basílica superior.

Tampoco ayudaba que a las mujeres no se les permitiera pasar más allá de la puerta del coro.

Los mosaicos y mayólicas coloreadas de la parte superior, del siglo XIII, se encuentran hoy casi desaparecidos por completo.

A finales del siglo XIII se modificó la estructura románica inicial, una única nave con cuatro arcadas, y se añadieron capillas a lo largo de las paredes laterales y del atrio de entrada.

Se entra por el brazo transversal, decorado con pinturas de Cesare Sermei, Giacomo Giorgetti y Girolamo Martelli, artistas de Umbría del siglo XVII, y que también trabajaron en la bóveda del presbiterio.

En su interior, protegido por una reja, se encuentra el sarcófago que contiene los restos mortales de San Francisco.

En la sala, de estilo románico, se custodian las reliquias de San Francisco, entre las que destacan: En el luneto, frente a la entrada, está pintada una Crucifixión con María, Juan, Pedro y Pablo, fresco giottesco del asisano Puccio Capanna.

Decorado y pintado al fresco, se construyó en 1476 por voluntad del Papa franciscano Sixto IV.

La parte alta está decorada con un grandioso rosetón central, que a los lados tiene los símbolos de los Evangelistas en relieve.

La parte baja está enriquecida por el majestuoso portal, única referencia externa de la arquitectura gótica.

Las primeras cinco escenas se atribuyen a los artistas romanos Jacopo Torriti y Filippo Rusuti.

La paternidad a Giotto de todo el ciclo es puesta en duda por muchos estudiosos.

Las historias, cada una con su título abajo, están ambientadas en el mundo medieval de finales del siglo XIII.

Los personajes se mueven dentro de espléndidos paisajes ciudadanos y rurales con un formidable sentido realista.

Los últimos siete son las exequias y la canonización del santo, incluidos los milagros post mortem necesarios para esta.