Según una tradición muy extendida a finales de la Edad Media, pero que no tiene fundamentos históricos o arqueológicos, en este lugar habría habido un templo dedicado a la diosa Juno, donde, según Tito Livio, los paduanos donaban y colgaban los trofeos ganados en sus batallas.

Externamente, en la línea de cubierta principal, cada sección del edificio está marcada por un hastial bajo decorado con arcadas ciegas en ladrillo.

El sagrado de la basílica fue utilizado como cementerio durante siglos y todavía se conservan algunas tumbas, como la del jurista Antonio Orsato, muerto en 1497; el monumento consiste en un elegante edículo con una urna funeraria adosada a la pared lateral izquierda de la basílica.

Este altar también se desmontó alrededor de 1668 para dejar espacio a un nuevo altar alla romana, formado solo por una simple mensa, mientras que el gran ciborio se colocó en la capilla del Santísimo y el arco triunfal en la parte posterior del ábside.

en que la última línea tiene el significado de «RESPUBLICA PATAVINA POSUIT», es decir, la «ciudadanía paduana» (la cittadinanza padovana pose).

En los lunetos hay presentes un Jesucristo y los doce apóstoles, mientras que en el centro los ángeles sostienen una cinta con las palabras

El monumento está conectado al Mausoleo del doge Giovanni Pesaro presente en la basilica di Santa Maria Gloriosa dei Frari de Venecia.

El gran retablo actual (3,67x1,71 m), que representa la La morte e la salita in cielo di san Massimiliano Kolbe, es una obra del pintor Pietro Annigoni (1981).

El monumento a Caterino Corner celebra al heroico general veneciano que murió en 1669 en la guerra de Candia contra los turcos.

En esta solemne cornisa, entre pesados festones, un arco triunfal protege la urna, sobre la cual descansa la estatua del jurista, envuelto en una toga y llevado por águilas.

Frente al mausoleo Contarini se encuentra el Monumento con busto in marmo di Costantino Dottori, paduano, que cayó en 1668 en la desesperada defensa del sitio de Candía.

El monumento al cardenal Pietro Bembo está dispuesto en la tercera columna a la derecha, comenzando desde la entrada, y es un proyecto del celebérrimo arquitecto Andrea Palladio.

A principios del siglo XX se decidió intervenir en la capilla para completarla, pero debido a las grandes dificultades, contrastes y numerosas dudas, el proyecto definitivo de Lodovico Pogliaghi no se aprobó hasta 1921 y su construcción comenzó en 1927 para terminarse en 1936.

El autor de los frescos sigue siendo Altichiero da Zevio, pero con la colaboración del boloñés Jacopo Avanzi.

El altar consta de un baldaquino en perfecto estilo gótico con cúspides, sostenido por cuatro ágiles columnillas y decorado con esculturas: Las esculturas se atribuyen a Rinaldino di Puydarrieux y a su taller, al igual que la estatua de la Madonna con Gesù bambino, en piedra policromada.

Las dos caras del sarcófago tienen a un lado los putti con una inscripción, en el otro Cristo muerto entre la Virgen y San Giovanni.

La pared izquierda está dominada por el Sarcofago in marmo rosso della famiglia Rogati-Negri, que data de finales del siglo XIII.

En el frente está tallado Cristo in trono sostenuto da due angeli y en la cubierta un Gentiluomo a cavallo tra aquile araldiche della famiglia Rogati-Negri.

Se puede admirar en esa pared varias pinturas: San Francesco con santa Caterina d'Alessandria ed accanto il committente obra de la escuela boloñesa del siglo XIV; Gesù si accomiata dalla Madre, una obra muy dañada que durante mucho tiempo se atribuyó erróneamente a Giusto de' Menabuoi, con una larga inscripción en lengua vernácula, que sin embargo es ilegible y fue restaurada en 2017.

Según la tradición, entre 1231 y 1263, los restos del santo se habrían conservado en la mismo arca, aunque no hay documentos contemporáneos para afirmarlo con certeza.

En el centro del ábside está el fresco con la Vergine in trono con Gesù bambino tra san Francesco e san Ludovico d'Angio, che presentano Naimerio, e tra sant'Antonio ed il beato Luca, che presentano Manfredino.

En la pared derecha está presente el Monumento funebre a Cassandra Mussato, hecho erigir por su esposo Pietro Gabrieli en 1506.

La capilla estaba dedicada anteriormente a san Bartolomé y en el siglo XVIII había una tela de Giovanni Battista Pittoni.

En la pared izquierda aparece el Busto in bronzo di re Giovanni III Sobieski, una obra que data del año 1905 del escultor polaco Antonio Madeyski, mientras que a la derecha está el Busto in bronzo di Erasmo Kretkowski, diplomático y viajero polaco, muerto en 1558.

La obra se debe al escultor Francesco Segala, mientras que la inscripción es del escritor polaco Giovanni Kochanowski.

A la derecha aparece el Arca funeraria della famiglia Zabarella, que data del siglo XIV.

En la pared izquierda está presente la Predica di sant'Antonio ai pesci (1981) y en la pared derecha Incontro di sant'Antonio con Ezzelino (1982), dos grandes frescos de Pietro Annigoni, como suyo es el gran retablo del Crocifisso (1983) que domina el altar.

En el claustro del noviciado, por otro lado, hay un reloj de sol que lleva la inscripción "Ora tua semper incerta".

Las campanas se han hecho con una forma particularmente "ligera" que no coincide con el sonido de impulso.

En la luneta sobre una puerta ahora amurallada se puede admirar la Vergine con Gesù bambino tra sant'Antonio e san Francesco, una obra de la segunda mitad del siglo XIII y aún bien conservada.