Se construyó en estilo románico por un arquitecto conocido como Deustesalvet («Diostesalve»), quien trabajó también en la iglesia del Santo Sepulcro en la ciudad.

La técnica constructiva de las cúpulas semiesféricas o poligonales era casi desconocida en esa época.

La pequeña cúpula que cierra la mayor, coronada por la estatua de San Juan Bautista, fue añadida con posterioridad.

El inferior representa varios episodios de la vida de San Juan Bautista, mientras que el superior muestra a Cristo entre la Virgen y San Juan Bautista, flanqueados por ángeles y evangelistas.

Cimentada sobre el mismo suelo arenoso que la torre, el baptisterio está inclinado 0,6 grados hacia la catedral.

La inmensidad del interior es impresionante, pero es sorprendentemente sencillo y carece de decoración.