Durante la presidencia de su esposo, se desató la epidemia de fiebre amarilla en el Ecuador, cayendo ella enferma, y pronto se recupera.Juntos salen nuevamente de Guayaquil en 1846, desembarcando en Callao en diciembre del mismo año, donde Rocafuerte enferma, y escribe su testamento, nombrándola heredera de todos sus bienes.Envía desde Lima parte de la biblioteca dejada por Rocafuerte al colegio San Vicente del Guayas, hoy llamado colegio Vicente Rocafuerte.Regresó en 1857 a Guayaquil, y en esta ciudad se convierte en la protectora del Cuerpo de Bomberos de Guayaquil, construyendo un depósito para la bomba contra incendios contigua a su casa.En febrero de 1890 enferma nuevamente, y desahuciada, dicta su testamento nombrando como albaceas a Pedro Carbo y Rafael Pólit Cevallos, y a su hermana Mercedes Calderón Garaycoa como albacea consultora.
Mausoleo de la familia Ayluardo Calderón donde se encuentran los restos mortales de Baltazara Calderón de Rocafuerte, en el Cementerio General de la ciudad de Guayaquil.
