De hecho, no fue hasta finales del siglo XVI cuando la ciudad de Jaén tomó el relevo a Baeza, en todos los ámbitos, como cabeza del Santo Reino que devino en la actual provincia[cita requerida].

Baeza, al igual que el resto de La Loma presenta un clima mediterráneo-continental, con unos inviernos bastante fríos, (6 °C de temperatura media en enero) y unos veranos calurosos, aunque sensiblemente menos que en el cercano valle del Guadalquivir (26 °C en agosto).

En la Edad del Cobre aparecen poblados de cabañas, algunos amurallados, mirando al Guadalquivir, donde las tierras eran más fértiles.

En la Edad del Bronce aparecen nuevos poblados; las actividades siguen siendo prácticamente las mismas y a través de los ajuares funerarios se percibe cierta estratificación social.

Estaba amurallada y con cabañas intramuros bajo las cuales se llevaban a cabo enterramientos.

Vuelven los cambios con la llegada de los musulmanes, a la que llamaron Bayyasa, en el siglo VIII.

El territorio se redistribuye entre hispanogodos, las tribus árabes y los Omeyas; mientras la Iglesia, aunque continúa existiendo, pierde poder económico.

Los muladíes (convertidos al islam) y los mozárabes (cristianos que permanecen en al-Ándalus) conformaron estructuras sociales no muy distintas a las previamente existentes.

La ciudad acuñará moneda para el rey leonés bajo el gobierno del gobernador procristiano Abdallaziz.

Los musulmanes expulsados viajan al sur y se establecen en el Albaicín de Granada.

Enrique II hace grandes donaciones a sus seguidores en la región y así la oligarquía consolida en ella su poder.

No obstante, durante el siglo XVII se produjo una recesión económica paralela a la del resto de España; todo ello motivado por la descabellada política de los sucesores de Felipe II (Felipe III, Felipe IV, Carlos II), sobre todo con relación al exterior, por las continuas guerras estériles, tan gravosas para la economía y la población.

Para la Baeza agotada, quizá fue ya demasiado tarde y el punto de inflexión marcado por el s. XVII constituiría a la postre un muro casi insalvable.

El "Plan Jaén", que se implementó durante los años 50, no tuvo gran efecto en la zona en parte por la falta de interés del régimen.

En los años 60 el denominado desarrollismo tampoco fue algo que se dejara notar especialmente en Baeza.

[1]​ Este acontecimiento profundiza el relanzamiento de la ciudad al incrementar considerablemente el interés del sector turístico.

Hay más de 16.000 ha dedicadas al cultivo del olivo, principalmente para la venta mayorista.

En 2019 el precio medio del alquiler en Baeza era el segundo más alto de la provincia, solamente por detrás Jaén.

Baeza se asienta sobre un terreno que ha estado continuamente habitado, al menos desde la Edad del Bronce.

Por esta razón, y a pesar de las sucesivas destrucciones sufridas por las construcciones de todos los períodos, la ciudad aún retiene un destacado patrimonio monumental en el que están representadas diversas culturas, períodos y estilos artísticos.

No en vano en 2003 el casco histórico de la población, con su antigua ciudad intramuros, fue declarado Patrimonio Mundial por la Unesco.