Actualmente compite en la máxima categoría del fútbol provincial denominada Primera Andaluza Jienense.

No fue hasta años después, una vez finalizada la Guerra Civil, cuando se creó el denominado Baeza Deportivo, que compitió en Regional Preferente, llegando a conseguir el ascenso a la Tercera División.

La permanencia en esta categoría nacional sería sin embargo efímera, pues el club volvió a descender tras jugar en ella una única temporada, hecho al que siguió el cambio de denominación por la actual de Baeza C. F. Los inicios fueron dubitativos, pues el equipo no conseguía adaptarse a su nueva situación en Regional Preferente.

Para esta ocasión fue necesario instalar los actuales focos del Estadio Municipal, al exigir la R.F.E.F.

Sin embargo, el ascenso nunca se produciría ya que meses más tarde la entidad iba a quedarse sin equipo por falta de fondos.

En la eliminatoria disputada, primero en Baeza (1-2) y luego en Marbella (0-2), el equipo no tuvo éxito, de modo que en la temporada 2005/06 el combinado baezano jugaría por segunda vez consecutiva en Regional Preferente, dominando su grupo de principio a fin, sin abandonar el primer puesto en ninguna fase del campeonato, y proclamándose vencedor con varias jornadas de adelanto.

La temporada 2006/07 supuso el debut en la categoría autonómica: la Primera Andaluza (Grupo Tercero).

Su sucesor, Antonio Garrido Santoyo, empieza por fichar como técnico al ubetense Juan Latorre.

En esta temporada ha de tomarse una decisión dura para la afición, tras la crisis económica mundial, y renunciar a la plaza en el grupo andaluz: el club no puede costearse la continuidad en la categoría y tiene que militar de forma irrevocable en la Regional Preferente.

En esta temporada hay nuevo cambio de directiva, esta vez presidida por Cristóbal García Martínez, que pone a un hombre de su confianza en el banquillo, el ubetense Juan Padilla, el cual regresa a los banquillos de la provincia tras varios años sin dirigir ningún equipo pero formándose hasta conseguir la licencia UEFA como técnico.

En esta temporada pocos retoques tiene la plantilla ya que la metodología impuesta por el club es seguir la línea de lo que viene en la cantera y dar continuidad a los jugadores locales, algunas bajas y altas como es habitual con algún jugador que completa el plantel siendo de la comarca en la segunda temporada como Rafael Perales y todo su personal en el cuerpo técnico.

El técnico jienense José María Cidoncha abandona tras la temporada el proyecto ya que se marcha a un histórico del fútbol nacional como es el CD Badajoz a trabajar en su secretaría técnica por lo que los mandos del cuadro baezano recae una vez más sobre Roberto Romero y por tanto ya la quinta etapa del técnico que mejor recuerdo ha dejado a la parroquia baezana donde destaca su profesionalidad y respeto al juego.