La clase Bacteroidia es con diferencia la más estudiada e incluye el género Bacteroides, un organismo abundante en las heces de animales de sangre caliente incluyendo los seres humanos, y Porphyromonas, un grupo de organismos que habita en la cavidad bucal humana.
Las otras clases de Bacteroidetes raramente son patógenas para los seres humanos.
descubrieron que los seres humanos y los ratones obesos tienen una flora intestinal con un porcentaje más bajo de bacterias Bacteroidetes y más alto de Bacillota.
Chlorobia que antiguamente se consideraba un filo independiente, adquirió la fotosíntesis de un antepasado compartido con los bacteroidetes tradicionales (no termófilos).
Una filogenia algo consensuada en el GTDB database y el Annotree es la siguiente:[7][8] Kapabacteria Kryptonia Ignavibacteria Chlorobia Rhodothermia Cytophagales Chitinophagales Sphingobacteriales Bacteroidales Flavobacteriales