Bacteroides son normalmente comensales, constituyendo el principal componente de la microbiota gastrointestinal, vaginal y bucal en los mamíferos.

[2]​ En el intestino del huésped juegan un papel importante en el procesamiento de las moléculas complejas en otras más simples.

Las especies Bacteroides también benefician a sus huéspedes evitando que otros potenciales patógenos colonicen el tracto digestivo.

[4]​ Aunque las especies Bacteroides son anaerobias, toleran el oxígeno y por lo tanto pueden sobrevivir en la cavidad abdominal.

Actualmente tampoco se recomienda la lincomicina ni la clindamicina por el alto nivel de resistencia que está adquiriendo (>30% en algunos estudios).